Siega, el "gran almacén genómico de patógenos" destinado a Salud Pública

La crisis del Covid-19 sigue impulsando avances e investigaciones en materia de salud. Uno de los más recientes es el Sistema Integrado de Epidemiología Genómica de Andalucía (Siega), que pese a crearse para bosquejar un mapa epidemiológico de la Escherichia Coli, nace al calor de una pandemia con la que comparte "el origen zoonótico de la misma".

Estas son las palabras de José María de Torres Medina, Director General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica de la Consejería de Salud y Familias de la Junta de Andalucía quien explica a Redacción Médica el funcionamiento de este proyecto y su potencial impacto en el sistema sanitario de nuestro país. "Nos hemos marcado como objetivo que Siega se convierta en el gran almacén genómico centralizado de patógenos relevantes para la salud en Andalucía, ya sean bacterias o virus, y que pueda estar a disposición de los profesionales de la Salud Pública y de todos los profesionales sanitarios del Sistema Sanitario Público de Andalucía (SSPA), así como de los investigadores en salud humana, ambiental, animal y vegetal", expone Medina.

"Actualmente, este mapa epidemiológico está en plena fase de crecimiento para poder pasar a la clasificiación en función del genoma", explica de Torres Medina a este medio. "Como ejemplo, podemos recordar el brote europeo producido por E. Coli Verotoxigénica en 2011, erróneamente asociado en un principio a los pepinos de Andalucía y que finalmente se demostró estar asociado a brotes germinados importados", apostilla.

"Esta tecnología podría haber discriminado con exactitud el origen del microorganismo responsable, descartando su origen andaluz desde el principio y ahorrándonos perjuicios a nuestra tierra", defiende a continuación.

Reducir los tiempos de obtención de resultados

Como principales objetivos, de Torres Medina define un conjunto de retos para afrontar en el futuro de Siega. A corto plazo, el director general expresa que "incorporaremos las primeras cepas de Legionella para analizar todas las muestras que se detecten por los sistemas de vigilancia ante casos o brotes de esta enfermedad".

Asimismo, asegura que su finalidad también será la de "disponer de un sistema más automatizado que facilite el procesamiento de la información y que acorte los tiempos de obtención de resultados", así como poder proporcionar una especie de “cartera básica de servicios genómicos” a disposición de los profesionales sanitarios y de la sanidad animal y vegetal.

Impacto importante para la salud

El impacto de esta tecnología para la salud "es muy importante", recalca de Torres Medina, quien asegura que, en la era que estamos viviendo, con una alta relevancia de la tecnología de la información, del big data y de la medicina personalizada o de precisión, "la ciencia puede verse impulsada al disponer de una base de datos genómicos de microorganismos, que promuevan la investigación en Salud Pública, analizando cómo se comportan los patógenos, mutaciones, resistencias, desarrollo en diferentes hábitats, patógenos emergentes, etc".

"La ciencia puede verse impulsada al disponer de una base de datos genómicos de microorganismos"

En este contexto, se han realizado diferentes estudios que "han cuantificado el ahorro que supone detectar con antelación y mediante la secuenciación genómica, la fuente de origen de la enfermedad y así, optimizar el uso de los recursos disponibles, que sin duda, evita nuevas enfermedades por el patógeno secuenciado y costes asociados a éstas", según aclara Medina.

"Dado el carácter multidisciplinar de esta iniciativa, colaboran profesionales de perfiles y ámbitos muy diversos como son profesionales del análisis de datos, Microbiología, Farmacia, Medicina, Veterinaria o Bioinformática, donde juega un papel fundamental el equipo de Joaquín Dopazo, director del Área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud (FPS), así como, colaboraciones con investigadores internacionales y centros e institutos de investigación", hace especial mencion el director general.

El mapa epidemiológico más grande es el del Sars-Cov2

Volviendo al coronavirus, de Torres Medina recuerda que "el mapa más desarrollado por número de genomas es el relativo al SARS-COV2, que incorpora más de 5.000 genomas y ha permitido hacer un seguimiento de los distintos linajes del virus y participar en investigaciones internacionales como por ejemplo, la relacionada con los mecanismos moleculares del Covid-19".

"Más allá del SARS-COV2, los árboles filogenéticos más avanzados son los relativos a Listeria (con más de 460 genomas) y Salmonella (con más de 260 genomas)", enumera. "Podemos decir que no se han detectado, a fecha de hoy, circulaciones significativas de cepas desde la ganadería o agricultura a los alimentos y/o a las personas", explica.